עד לפסיקת בג"ץ מספטמבר 1999 עינו כוחות הביטחון הישראליים מדי שנה אלפי עצירים פלסטינים.
על פי הערכת הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל, כמעט כל הנחקרים עברו לפחות צורה אחת של עינויים במהלך חקירתם.
פעילות החקירה של השב"כ, שלא הוסדרה בחוק, נעשתה על פי המלצות ועדת לנדוי. רק חלק מדוח לנדוי פורסם בציבור; החלק שפירט את שיטות החקירה המותרות נותר חסוי.
שיטות החקירה והעינויים האופייניות לשב"כ היו:
– קשירה בתנוחות מכאיבות למשך שעות וימים ברציפות, תוך כדי כיסוי ראשו של הנחקר בשק מצחין ורטוב.
– בידוד בצינוק.
– מכות.
– "טלטולים" (טלטול גופו וראשו של הנחקר קדימה ואחורה בידי חוקר שב"כ, שאוחז בו בכתפיו או בדש חולצתו).
– מניעת שינה ואוכל.
– חשיפה לקור או חום.
– כבילה לכיסא קטן ואלכסוני.
– קללות והשפלה פסיכולוגית.
– השמעת מוסיקה רועשת.
– איומים על העציר או על משפחתו.
– מניעה של תנאי תברואה בסיסיים והחלפת ביגוד.
– ניתוק מהעולם החיצון (ובכלל זה מעורכי-דין ומבני המשפחה), לעתים למשך חודשים.
כל אלה גרמו לפגיעה נפשית ולנזקים גופניים, לעתים בלתי-הפיכים, ובכמה מקרים גם למוות.
בספטמבר 1999 קיבל בג"ץ חלק ניכר מהטענות שהובאו בעתירות שהגישו הוועד וארגונים נוספים לזכויות אדם. פסק הדין אסר את השימוש בשורה של שיטות חקירה ועינויים וקבע כי לשב"כ אין סמכות להפעיל שיטות חקירה אלימות, וכי סמכויות החקירה של השב"כ זהות לאלה של המשטרה.
