حتى قرار المحكمة العليا سنة 1999 قامت قوات الأمن الإسرائيلية بتعذيب ألاف الفلسطينيين في كل عام. بحسب تقديرات اللجنة العامة لمناهضة التعذيب في إسرائيل: كل من خضع للتحقيق تعرض إلى نوع واحد على الأقل من أنواع التعذيب خلال التحقيق.
عملية التحقيق التابعة لجهاز المخابرات العامة والتي لم تنظم حسب القانون أجريت بحسب توصيات لجنة لندوي, التي تم نشر جزء واحد فقط للجمهور. أما الجزء الذي فصل وسائل التحقيق المسموحة بقي سري.
وسائل التحقيق والتعذيب التي يستخدمها جهاز المخابرات العامة "الشاباك" هي:
- تقييد في وضعيات مؤلمة لمدة ساعات وأيام متواصلة، يتخللها تغطية رأس الشخص بكيس عفن ورطب.
- عزل انفرادي في الزنزانة.
- ضرب.
- "هز" (هز جسم ورأس الشخص إلى الإمام والخلف بيد محقق الشاباك الذي يمسكه من كتفيه أو بطرف قميصه).
- منع النوم والأكل.
- التعريض للبرد أو الحر.
- التكبيل لكرسي صغير ومائل .
- شتائم واهانات نفسية .
- إسماع موسيقى مزعجة.
- تهديدات للمتهم أو لعائلته.
- منع الأسباب الصحية الأساسية وتبديل الملابس.
- عزل عن العالم الخارجي (لا سيما المحامي وأفراد العائلة) وأحيانا لمدة أشهر.
كل هذه الأساليب تسبب ضررا نفسيا وأذى جسمانيا, تكون أحيانا دائمة, وفي حالات عديدة أدت إلى الموت.
في أيلول 1999 أقرت المحكمة العليا جزء كبير من الادعاءات التي عُرضت في الالتماس الذي تقدمت به اللجنة العامة لمناهضة التعذيب في إسرائيل ومنظمات حقوقية أخرى. قرار المحكمة العليا منع استخدام عدد من وسائل التحقيق والتعذيب وقرر أن جهاز المخابرات العامة لا يملك الصلاحية لاستخدام وسائل تحقيق عنيفة وان صلاحيات التحقيق لجهاز المخابرات العامة مثيلة لصلاحيات الشرطة.
