- הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל הוקם בשנת 1990 על ידי גב' חנה פרידמן (מנכ"ל הוועד מהקמתו ועד ינואר 2008), פרופ' סטנלי כהן, ד"ר יהויקים שטיין, העיתונאי חיים ברעם, עו"ד אביגדור פלדמן, עו"ד מאזן קופטי, ד"ר רוחמה מרטון, עו"ד נפתלי אור-נר ועו"ד לאה צמל.
- בשנת 1991 פורסם דוח בצלם על עינויים, שנכתב על ידי פרופ' סטנלי כהן וד"ר דפנה גולן. הדוח התבסס על עדויות ותצהירים שנגבו על ידי הוועד. דוח זה, כמו גם דוח מעקב שפורסם בשנת 1992, היוו פריצת דרך במודעות הציבורית לנושא העינויים בישראל.
- בשנת 1991 הגיש הוועד עתירה עקרונית ראשונה לבג"ץ (בג"ץ 2581/91 מוראד עדנאן סלחאת והוועד הציבורי נגד עינויים בישראל נ' ממשלת ישראל). העתירה דרשה לבטל את המלצותיה של ועדת לנדוי, שהתירו לחוקרי שב"כ להשתמש ב"לחץ פיסי מתון". .כמו כן התבקש בג"ץ לצוות על פרסום חלקו הסודי של דוח הוועדה, שעסק בשיטות החקירה של השב"כ. בית המשפט דחה את העתירה בטענה שהיא כללית מדי.
- בעקבות דחיית העתירה הגיש הוועד בשנת 1994 עתירה עקרונית נוספת (בג"ץ 5100/94 הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל נ' ממשלת ישראל). נוסף על הטענות שהועלו בעתירה הראשונה כללה העתירה החדשה גם את הטענה כי השב"כ פועל ללא בסיס חוקי וחוקתי (באותם ימים פעל השב"כ על בסיס סעיף שיורי בחוק יסוד: הממשלה). לעתירה זו צורפו עתירות של האגודה לזכויות האזרח בישראל, המוקד להגנת הפרט ועו"ד אנדרה רוזנטל.
- פסק הדין בעתירה, שניתן רק בספטמבר 1999, יצר היסטוריה. בפסק הדין אסר בג"ץ על שימוש בשיטות עינויים שונות שהיו נהוגות עד אז כגון כיסוי ראשיהם של נחקרים בשק, השמעת מוסיקה רועשת במשך כל שעות היממה, מניעת שינה, טלטולים, כריעת צפרדע וכבילה לכיסא קטן ואלכסוני. פסק הדין הביא לצמצום של היקף העינויים בישראל.
- בדצמבר 1996 קיבל הוועד את פרס הרפובליקה הצרפתית לזכויות אדם מידי נשיא צרפת, יחד עם המרכז הפלסטיני לזכויות אדם בעזה (PCHR).
- בספטמבר 2000, עם פרוץ אינתיפאדת אל-אקצא, חלה עלייה במספר הנחקרים הסובלים מעינויים, אם כי המצב לא הגיע לממדים ההמוניים של תקופת האינתיפאדה הראשונה. בעדויות שגבה הוועד בתקופה זו חזרו והופיעו שיטות עינויים כגון כפיפת הגוף בתנוחות מכאיבות והידוק אזיקים לשורש כף היד ולזרוע. כן חזר השימוש בכמה משיטות העינויים שנאסרו בפסיקת בג"ץ. הוועד הרחיב את פעילותו והחל להיעזר בעובדי שטח ובעורכי-דין חיצוניים לאיתור ולבירור של מקרי עינויים.
- בינואר 2002 עתר הוועד לבג"ץ נגד מדיניות ההתנקשויות (ה"חיסולים") של ישראל, שבאה לידי ביטוי בהוצאה להורג של חשודים ומבוקשים ללא משפט וללא נוהל מעצר חשוד. בדצמבר 2006 פסק בג"ץ בעתירה כי יש להגביל את האפשרות להתנקש באדם לנסיבות צרות ולתנאים מגבילים: רק אם האדם נוטל חלק פעיל באותו זמן בפעולת איבה (כלומר לחימה), להבדיל ממי שנוטל חלק עקיף, או מי שכבר לא פעיל בלחימה בזמן התקיפה; רק אם קיים מידע מבוסס ובדוק לפיו יעד ההתנקשות אכן נוטל חלק פעיל בפעולות איבה; רק אם לא ניתן לעצרו או לנקוט נגדו בפעולה חמורה פחות מהתנקשות בחייו; וכשפעולת ההתנקשות עלולה להסב נזק לסובבים, רק אם הנזק לאנשים האחרים בסביבתו אינו עולה על התועלת שמבקשים להשיג. כמו כן קבע בית המשפט שחובה לקיים בדיקה עצמאית בדיעבד, בכל מקרה של התנקשות, ולבחון אם הוא עמד בתנאים אלה.
- דוחות שפרסם הוועד בשנים האחרונות העלו כי תופעות העינויים וההתעללויות ממשיכות להתקיים בישראל ובשטחים הכבושים, כי המערכות השלטונית והמשפטית אינן פועלות כנדרש כדי למנוע אותן ולא פעם אף נותנות להן גיבוי:
- בדוח "פצצות מתקתקות", שפורסם ב-2007, נבדקה טענת ה"פצצה המתקתקת" שביססה כביכול את "הגנת הצורך" המשפטית, אשר בהתקיימה עשוי החוקר להיות פטור מאחריות פלילית בגין הפגיעה בעצור (זאת על פי הנחיות היועץ המשפטי לממשלה שניתנו בעקבות פסק הדין של בג"ץ מ- 1999). הדוח מדגים את חומרתן של שיטות החקירה שמפעילים חוקרי השב"כ בחלק מחקירותיהם, המגיעות ללא ספק לדרגת עינויים אשר אסורים במשפט הבינלאומי בכל הנסיבות. המקרים המובאים בדוח גם מעלים ספקות באשר להצדקת הקונספציה של "הפצצה המתקתקת". העדויות המפורטות מפיהם של קורבנות עינויים, שהובאו בדוח, חשפו גם את המעגל הרחב של השותפים לעינויים: חוקרי שב"כ, חיילים וקצינים, סוהרים ושוטרים, רופאים ואנשי צוות רפואי בבתי חולים, במחנות מעצר של צה"ל, במתקני חקירה של השב"כ, בבתי מעצר משטרתיים ובבתי כלא, פרקליטים ושופטים צבאיים, היועץ המשפטי לממשלה, פרקליט המדינה והפרקליט האחראי על בדיקת תלונות נחקרים בשב"כ, כולם – במעשה או במחדל, בידיעה או בשתיקה ובעצימת עיניים – שותפים למסכת העינויים המתוארת בדוח.
- דוח "טיפול משפחתי", שפורסם באביב 2008, מלמד כי השב"כ משתמש בבני משפחותיהם של נחקרים באופן המגיע לכדי התעללות נפשית של ממש, והכול במטרה ללחוץ על הנחקרים להודות בעבירות המיוחסות להם. מדובר בשיטת פעולה בלתי מוסרית ובלתי חוקית.
- דוח "בלתי חוקי בעליל", שפורסם ביוני 2008, חשף תופעה רחבת-היקף של התעללות חיילי צה"ל בעצירים פלסטינים לאחר שאלה כבר נעצרו ונכבלו ואינם יכולים עוד להוות סכנה לחיילים. מתברר כי תופעה פסולה זו מגובה בהתעלמות הכמעט-מוחלטת של הרשויות מן התופעה ובמערכת אכיפה כושלת ורופסת, הממעטת בחקירות ובהגשת כתבי אישום.
