שתףتتابع اللجنة العامة تطبيق قرار المحكمة العليا منذ 1999 (العليا 5100/94 اللجنة العامة لمناهضة التعذيب في إسرائيل ضد حكومة إسرائيل وجهاز المخابرات العامة) الذي يمنع استخدام أساليب مختلفة من التعذيب. وذلك عن طريق زيارة المعتقلين في منشآت الاعتقال وجباية إفادات وتصاريح.
- توثق اللجنة حالات من التعذيب، التنكيل والاهانة لمعتقلين وأسرى.
- تلتمس اللجنة إلى المحكمة العليا باسم معتقلين ضد استخدام أساليب تحقيق غير قانونية، وظروف احتجاز متدنية، منع التقاء المعتقلين مع محاميهم والمساس بحقوقهم.
- تلتمس اللجنة أيضا في قضايا مبدئية, كالالتماس ضد سياسة الاغتيالات التي تنتهجها دولة إسرائيل، الالتماس بخصوص الوضع الإنساني في قطاع غزة والالتماس الذي يطالب بإلغاء القانون الذي يمس مسا صارخا بحقوق المشتبهين أثناء الاعتقال.
- تقدم اللجنة إلى السلطات شكاوى عن التعذيب، المعاملة القاسية والمهينة وذلك نيابة عن معتقلين كحالات منفردة وفي إطار شكاوى جماعية مفصلة تتناول قضية أو موضوع واحد مثل: التكبيل المؤلم واستخدام أفراد العائلة كوسيلة ضغط نفسي في التحقيق.
