במלאות שנתיים להחלטת בג"צ האוסרת על השימוש בעינויים בחקירה, עולה כי ההחלטה הותירה פרצות מהותיות, המאפשרות המשך קיומם של עינויים והתעללויות בחקירות השב"כ, מהם סובלים מאות עצירים פלסטינים.
בהסתמך על עשרות תצהירים של פלסטינים שנחקרו מאז פסיקת בג"צ, עולה כי העובדה שבג"צ השאיר על כנה את התפיסה המשפטית, והמוסרית לפיה חוקר רשאי לשקול את השימוש בעינויים כאופציה לגיטימית ואף סיפק לשב"כ פרצות מעשיות כמניעת שינה וכבילה ממושכת, איפשרה לחוקרי השב"כ להמשיך וליישם את צורת החקירה האלימה בה נקטו בעבר.
השב"כ והממונים עליו לא הצליחו להשתחרר מהקונצפציה על פיה הדרך היעילה ביותר להוציא הודאות או מידע מנחקר היא באמצעות גרימת סבל נפשי ופיזי, התשה והשפלה. כתוצאה, "חומת ההגנה שהקים בג"צ במטרה להגן על זכויותיהם הבסיסיות של נחקרים פלסטינים לא הוכיחה עצמה כיעילה במידה מספקת".
דו"ח הועד הציבורי נגד עינויים בישראל, מספטמבר 2001- שנתיים לפסיקת הבג"צ מ- 1999, מעלה את הממצאים הבאים:
1. מדי חודש עשרות פלסטינים הנחקרים בידי השב"כ נחשפים, במידה זו או אחרת, לשיטות של עינויים והתעללות. אלה כוללות את מעטפת הבידוד והניתוק מהעולם החיצון, ומגוון שיטות המופעלות הן בחדרי החקירה והן בצינוקות.
2. ההתעללות בעצירים פלסטינים מתחילה בשלילת זכותם למגע עם העולם החיצון - ובעיקר עם עורכי-דינם ועם בני משפחותיהם - לתקופה של ימים ושבועות.
3.שיטות העינויים וההתעללות הננקטות בחדרי החקירה כוללות:
* שיטות שגרתיות: מניעת שינה; כבילה לכיסא בתנוחות מכאיבות; מכות, סטירות ובעיטות; איומים, קללות והשפלות.
* שיטות מיוחדות: כיפוף הגוף בתנוחות מכאיבות ביותר; הידוק מכוון של האזיקים; דריכה על האזיקים; לחץ על חלקים שונים בגוף; אילוץ הנחקר לכרוע ("קמבז"); חניקה; שיטות אחרות של אלימות והשפלה (תלישת שיער, יריקות ועוד).
* עינויים וההתעללויות בצינוק: מניעת שינה; חשיפה לחום ולקור קיצוניים; חשיפה מתמדת לאור מלאכותי; החזקה בתנאי כליאה תת-אנושיים.
כמו כן, עולה מהדו"ח כי כל תלונה של נחקרים בנושא חקירתם נבדקת בידי סוכן שב"כ- (המבת"ן: הממונה על תלונות נחקרים במשרד המשפטים) המתחקר, הן את עמיתיו החוקרים והן את העציר. כתוצאה מצורת חקירה זו, לא הועמד לדין פלילי אף חוקר שב"כ מאז הועברו, ב - 1994 סמכויות חקירותיהן של תלונות נגד חוקרי שב"כ לפרקליטות. יחד עם זאת , הדו"ח קובע כי פסיקת בג"צ הביאה גם לשינוי משמעותי בפועל, ובעיקר להיעלמות כמעט מלאה של חלק משיטות העינויים שהתירה ועדת לנדוי - ובהן ה"טלטולים", השימוש בשק לכיסוי הראש, המוסיקה הרועשת והכבילה לכיסא קטן ואלכסוני.
הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל ממליץ לשלטונות ישראל ליישם במלואן את המלצות האמנות הבינלאומיות הנוגעות ליחס לעצירים ואסירים ולנקוט בצעדים חקיקתיים וממשלתיים המתחייבים מהמלצות אלה, ביניהן:
* לאסור בחוק השימוש בעינויים, כהגדרתם באמנת האו"ם נגד עינויים, באיסור מוחלט
* לאסור בחוק כל יחס אכזרי, בלתי אנושי או משפיל, באיסור מוחלט
* להבהיר בחקיקה כי הגנות מסוג "צורך" או "צידוק" לא יחולו על מענים ומתעללים
* לנקוט בהליכים המשפטיים הדרושים על-מנת לפתוח את המדינה בפני ועדות האו"ם ומומחיו
* להזמין את המדווח המיוחד של האו"ם על עינויים לבקר במדינה, לפתוח בפניו את כל מתקני המעצר והחקירה, ולאפשר לו לדבר בחופשיות עם כל עציר שעמו יחפוץ לדבר
* להורות לשב"כ לחדול מיד מלהפעיל את כל אמצעי העינויים וההתעללות ולעבוד מכאן ואילך רק בשיטות של "חקירה סבירה" כפי שאלה הוגדרו בפסיקת בג"צ, אך בלי הזדקקות למניעת שינה או לכבילה בחדר החקירה
* לדאוג לכך כי חוקרי השב"כ יעברו הסבה מוחלטת משיטות חקירה אלימות ומשפילות לשיטות חקירה אנושיות
* לבטל את תפקיד הממונה על בדיקת תלונות נחקרים בשב"כ (המבת"ן) במשרד המשפטים, ולהחליפו בגורם בלתי תלוי ואמון על שלטון החוק והמשפט
ועוד.
